冷水機組在啟動前會對電源相序進行校正，所有螺桿式壓縮機都存在螺桿轉向問題。螺桿式壓縮機不能反轉，如果反轉了就不能產生潤滑油的油壓。所以，在冷水機中，設有反相保護器，其作用是當接入電源的相序與冷水機的預設相序不同時，反相保護器將切斷電機的電源，只有當接入電源的相序與冷水機的預設相序相同時，電機才能順利上電;在冷水機組出廠試驗時對逆相保護器的預設相序做好了調整?？蛻粼嚈C時，接通電源，打開冷凍水泵和冷卻水泵，啟動壓縮機，如果壓縮機能通電運行，并能立即建立制冷系統的高壓，說明電源相序正確，調試工作可接著進行。反之，如果按下啟動按鈕后，壓縮機不運行，說明電源相序不對，更換冷水機三相電源中的任意兩相。
需要注意的是，螺桿式冷水機組正確的啟動順序應為:先打開冷凍水泵，再打開冷卻水泵，待兩個水循環系統運行正常后，按下冷水機組控制板上的啟動按鈕，壓縮機延時三分鐘后自動有序運行。
使用良源螺桿式冷水機組時，必須等冷凍水系統和冷卻水系統運行正常后，才能啟動螺桿式壓縮機。一旦水系統出現問題，必須先斷開壓縮機的電源，或者按下控制面上的停止按鈕，只有兩個水系統都正常運行時，冷水機才能正常運行。判斷螺桿式冷水機運行正常與否，可以觀察控制板上的壓力表指標，若高壓指標為12~17kg/cm2，低壓指標為4~6kg/cm2，說明冷水機組制冷系統運行正常。需要注意的是，如果冷卻水供給不足，流量過小時，會導致高壓表讀數增加，嚴重時報警燈亮，出現停機報警。維修工作人員要查明故障情況，解決了故障后，再按下停止按鈕，報警燈熄滅，然后按順序重新啟動冷水機。冷水機組的運行實踐證明，一般冷卻水循環系統的故障是造成冷水機組故障的主要原因。